Entre 1668 y 1669 fue uno de los músicos de la corte del conde Heinrich I Reuss zu Obergreiz. En 1671 aceptó un puesto como organista en Teuchern. Se casó con Agnes Dorothea von Etzdorff el 17 de septiembre de 1673. El 9 de enero de 1674 nació su hijo Reinhard, quien luego se convertiría en compositor. El 10 de septiembre de 1675 fue bautizado su segundo hijo, Gottfried Gustavus. 

En el puesto de organista en Teuchern, tenía la obligación de enseñar en la escuela. Debido a los bajos salarios y salarios atrasados, obviamente no dio estas lecciones y hubo diferencias con la administración de la escuela y la iglesia. Keizer, por tanto, abandonó Teuchern y trabajó en el norte de Alemania (Lübeck y Hamburgo) desde alrededor de 1676, por lo que la educación de sus hijos quedó en manos de su esposa, que permaneció en Teuchern.

La "Pasión de San Marcos" realizada por él en 1707, con la que Johann Sebastian Bach trabajó intensamente y la que durante mucho tiempo se le atribuyó a su hijo Reinhard, podría haber venido de Gottfried Keiser o de Friedrich Nicolaus Bruhns.